João Paulo é revelado nas categorias de base do Santos. Inclusive sendo campeão da Copinha em 2014 e fez parte do plantel profissional campeão Paulista de 2016. O goleiro estreou de fato no principal no empate com o Vasco sem gols, no Nilton Santos, pelo Brasileiro de 2017. No entanto, apenas três anos depois assumiu o posto de titular.

Terceira opção de arqueiro, ele precisou entrar na equipe após desavenças com Everson e lesão de Vladimir. João entrou durante um jogo contra o Athletico-PR, na Vila Belmiro, pelo Brasileiro, em agosto de 2020. Naquele jogo, fez defesas importantes e caiu nas graças da torcida e da comissão técnica.

Foram 33 partidas naquele ano e sendo um dos principais destaques na campanha do vice da Libertadores. No ano seguinte, atuou em 54 partidas e conquistou a faixa de capitão, além de uma das lideranças do elenco. Em 2022, foram mais 62 confrontos. E em 2023, 59 partidas e críticas por ser um dos principais atletas no rebaixamento do clube.

Ele inclusive optou por se afastar da faixa de capitão e no fim do ano chegou a receber sondagens, mas aceitou a redução salarial e ficou no Peixe. Ano passado, teve 23 anos e veio a lesão durante a Série B. Ele teve que passar por uma cirurgia para reconstituição do Tendão de Aquiles esquerdo na derrota para América-MG por 2 a 1, no Independência, no dia 24 de maio.

Por isso, foi reestrear apenas no estadual no fim de fevereiro. E ainda teve minutos no amistoso contra o Coritiba, no Couto Pereira. Ao todo, o Menino da Vila possui 236 partidas pelo Santos.